الكلوروفيل أ هو صبغة أولية موجودة في جميع النباتات والطحالب الخضراء، وهو ضروري لعملية البناء الضوئي، وهو العملية التي تتحول من خلالها الطاقة الضوئية إلى طاقة كيميائية. في سياق الطحالب تزهر، الكلوروفيل أ هو مؤشر حاسم لوجود وكثافة الطحالب في المسطحات المائية. وعندما تكون الظروف مواتية، كما هو الحال في المياه الغنية بالمغذيات التي غالبا ما تنتج عن الجريان السطحي الزراعي أو تصريف مياه الصرف الصحي، يمكن للطحالب، بما في ذلك أنواع الطحالب الضارة، أن تتكاثر بسرعة، مما يؤدي إلى الإزهار. يمكن أن تؤثر هذه الإزهار بشكل كبير على جودة المياه والحياة المائية والنظام البيئي الأوسع. يعد رصد تركيزات الكلوروفيل أ أمرا ضروريا للكشف المبكر عن هذه الإزهار وإدارتها ، مما يساعد على التخفيف من آثارها البيئية الضارة.